ההרגל לשרטט לעצמם תרשימי עץ היררכיים בשולי הספרים שקראו ובטיוטות ששרבטו לעצמם.דרך ההערות הקטנות ששרבטו בשולי הדף, היא משחזרת את תהליכי החשיבה, היצירה והניתוח של אנשי ימי הביניים. בעזרת סריקה ממושכת של מאות כתבי יד מכל רחבי אירופה, תעתוקם, ניתוחם ובעזרת ניתוחים סטטיסטיים, היא ממפה את ממדיה המפתיעים של התופעה, את דפוסי השימוש בה, את החופש והיצירתיות שהפגינו המשתמשים בה ואת השימושים השונים שלה בתיאולוגיה, לוגיקה, דקדוק, שירה, רפואה ומשפט.

יהונתן מתעניין בשירת ספרד בתור ספרות מסעירה בפני עצמה, בזיקות הגלויות והסמויות שלה לספרות העברית שמן המקרא ועד ימינו, בקשריה העמוקים והמרתקים לאחותה הגדולה – השירה הערבית הקלאסית, ובאופנים שבהם היא מבטאת את מפגש התרבויות המיוחד שהתחולל בספרד בין מוסלמים, נוצרים ויהודים. בשנה הבאה הוא ילמד את קורסי המבוא לשירה העברית בספרד וכן סמינרים על שירי הים והמסע של יהודה הלוי, על הדרכים לפרש בימינו שירה מימי הביניים, על החיבור התיאורטי שכתב (בערבית!) המשורר משה אבן עזרא על אודות השירה העברית ותולדותיה, וכן קורס השוואתי מיוחד על הזדקנותו של המשורר בשירת ימי הביניים ובשירה העברית המודרנית. 

סטודנטים וסטודנטיות לתואר שני בחטיבה החדשה ללימודי יהדות ספרד והמזרח מוזמנים לקורסים "שאלה של פרשנות: סוגיות באינטרפרטציה של שירת ספרד" ו"עיונים ודיונים בספר עיונים ודיונים: משה אבן עזרא המשורר והתאורטיקן" שיהונתן ילמד בשנת תשפ"ג. לפרטים נוספים על החטיבה החדשה לחצו כאן.

קרוב לאלפיים לוחות חומר בכתב יתדות מ- 2000 לפנה"ס ועד המאה האחרונה לפנה"ס, מכילים טקסטים ליטורגיים בלשון השומרית, חלקם נכתבו כאשר לשון זו כבר חדלה לשמש כשפת דיבור. טקסטים אחרים מאותן תקופות מורים לנו על הביצוע הפולחני של הליטורגיות האלו.

במחקרו פרופ' גבאי מנסה לפענח ולשחזר את הליטורגיות, מתי הן נאמרו, לפני אילו אלים ובאילו מקדשים, ובמיוחד כיצד נגנו אותן בעת הפולחן. על אף שמערכת תווים טרם התפתחה באותה תקופה, ישנן הוראות לאופן השירה והליווי של הליטורגיות, שעל פיענוחן הוא עובד וכמו כן, מנסה לזהות את הכלים שליוו את הליטורגיות ואת תפקידם בפולחן.

לאחרונה פרופ' גבאי מנסה להתחקות אחר המנגנון שאפשר את תהליך המסירה של הליטורגיות במשך כאלפיים שנה. זאת על ידי השוואת לוחות ליטורגיים מראשית האלף השני לפנה"ס עם לוחות מסוף האלף הראשון לפנה"ס המכילים את אותן תפילות. על אף שיש שינויים בנוסחאות, הליטורגיות דומות זו לזו באופן מפתיע על אף פער הזמן של קרוב לאלפיים שנה ביניהן. ישנן עדויות רבות לכך כי הליטורגיות נמסרו מדור לדור על ידי שירה.

c) Trustees of the British Museum)