פרופ' יונתן דקל-חן חוקר היסטוריה חקלאית, טרנס-לאומיות, היסטוריה יהודית, יחסים בינלאומיים, פילנתרופיה, דיפלומטיה לא-פורמלית (non-state diplomacy) והגירה בעולם המודרני. בחודש יוני 2021 הוא זכה בפרס ורנון קרסטנסן למאמר הטוב ביותר בכתב העת Agricultural History.
יונתן דקל-חן מחזיק בקתדרה בחקר יהדות בריה"מ ומזרח אירופה ע"ש הרב אדוורד סנדרו באוניברסיטה העברית, והוא חבר סגל בחוג להיסטוריה כללית וגם בחוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו. בשנת הלימודים תשפ"א הוא משמש כעמית אורח במרכז בילדנר (BILDNER) לחקר עם ישראל באוניברסיטת רטגרס בארה"ב. מחקריו פורסמו בבתי הוצאה לאור באוניברסיטת ייל, אוניברסיטת אינדיאנה, מאגנס ובשורה ארוכה של כתבי עת מובילים בחו"ל. דקל-חן חוקר היסטוריה חקלאית, טרנס-לאומיות, היסטוריה יהודית, יחסים בינלאומיים, פילנתרופיה, דיפלומטיה לא-פורמלית (non-state diplomacy) והגירה בעולם המודרני.
להיסטוריה החקלאית פנים רבות. עד להשלמת תהליך המודרניזציה בכל אזור ואזור בעולם, רוב האוכלוסייה התקיימה מעבודת האדמה. למעשה, עד לראשית העיור בעקבות תהליכי המודרנה, מרבית אוכלוסיית העולם חיה בכפר והתקיימה מחקלאות.
על פי אסכולת המודרניזציה, השגשוג העירוני, התיעוש והתפתחות ההשכלה מתאפשרים רק לאחר התמקצעות בחקלאות. גם בימנו, חלקים ניכרים מהאנושות עדיין מתפרנסים בעיקר מעבודת האדמה, כך שההיסטוריה החקלאית היא למעשה היסטוריית האדם וסביבתו.
יונתן זכה לאחרונה בפרס ורנון קרסטנסן (Vernon Carstensen) למאמר הטוב ביותר בשנת 2020 שהתפרסם בכתב העת Agricultural History. במאמרו Putting Agricultural History to Work: Global Action Today from a Communal Past הוא גיבש מסקנות מְחקר ההיסטוריה הארוכה של החקלאות היהודית המודרנית בארץ ובתפוצות כדי להציע פתרון תפעולי חלקי למצוקת הפליטים שנוצרה בעקבות האביב הערבי, מלחמת האזרחים בסוריה ומשברים נוספים בעשור האחרון, במיוחד בדרום הגלובלי.
