יהונתן ורדי הוא מומחה לשירה העברית שחוברה בספרד המוסלמית בימי הביניים, ובמיוחד לשירתו של ר' שמואל הנגיד. בשנים האחרונות הוא שוקד על הכנת מהדורה חדשה של ה'דיואן', ספר השירים של הנגיד. הוא גילה כמה שירים חדשים שהיו גנוזים עד כה ואף הוכיח ששמואל הנגיד הוא המחבר האמיתי של כמה שירים שיוחסו למשוררים אחרים. 

ד"ר יהונתן ורדי הוא עמית מחקר לבתר דוקטורט במרכז מנדל-סכוליון למחקר רב תחומי במדעי הרוח והיהדות. הוא החל את דרכו האקדמית כתלמיד החוג לספרות עברית ותוכנית 'אמירים' באוניברסיטה העברית, והמשיך בה לתואר שני ולדוקטורט בהנחיית פרופ' שולמית אליצור. הוא מומחה לשירה העברית שחוברה בספרד המוסלמית בימי הביניים, ובמיוחד לשירתו של ר' שמואל הנגיד (1056-993), איש אשכולות שחי לפני אלף שנה והיה שר בכיר ומפקד צבאי בממלכת גרנדה, רב ופוסק הלכה, בלשן עברי ופרשן מקרא, וכמובן גם אחד מגדולי המשוררים העבריים בכל הדורות.

בשנים האחרונות יהונתן שוקד על הכנת מהדורה חדשה של ה'דיואן' – ספר השירים של הנגיד. הוא נסמך על כתבי יד רבים מימי הביניים, שמקורם במצרים (ב'גניזה הקהירית' המפורסמת ובגניזות אחרות), בתימן, באירופה, ובקהילות הספרדיות שישבו באימפריה העותומנית. מעניין לציין שכתבי יד שמקורם בספרד – מקום חיבורו של הספר – לא שרדו בכלל.

לדבריו, המהדורה האחרונה שבה הודפס ה'דיואן' של הנגיד יצאה לאור לפני חמישים שנה והיא אינה מעודכנת מבחינות רבות. הוא בוחן אפוא מחדש את שאלות היסוד של הספר – אילו שירים באמת חיבר הנגיד, מהו הנוסח המדויק שלהם, איך יש להבין ולפרש אותם. בין השאר הוא גילה ופרסם כמה שירים חדשים שהיו עד כה גנוזים בכתבי היד, וכן הוכיח ששמואל הנגיד הוא המחבר האמיתי של כמה שירים שיוחסו למשוררים אחרים. יהונתן הראה כי השיר 'כתב סתיו בדיו מטריו וברביביו', אחד השירים הידועים ביותר כיום מן השירה העברית בספרד, לא חובר – כפי שנהגנו לחשוב – בידי אבן גבירול אלא בידי שמואל הנגיד.  

המהדורה החדשה תשמש בסיס לחקירה מקיפה של שמואל הנגיד ושירתו בפרט, ושל צביונה של היצירה העברית בספרד המוסלמית בכלל. כך למשל, מחקריו של יהונתן מדגישים את חשיבותו של הסידור המקורי של דיואן שמואל הנגיד: בעוד המדפיסים המודרניים נהגו לסדר את הספר מחדש ולחלק אותו על פי נושאים, בכתבי היד אפשר לראות כי הספר במקורו נערך בערבוביה גדולה של נושאים וז'אנרים, אבל בסידור כרונולוגי, על פי מועד חיבור השירים. קריאה בספר על פי סידורו המקורי תעניק לנו לא רק את התענוג ההיסטורי של קריאה בספר כפי שסודר ונקרא לפני אלף שנה, אלא גם אפשרות לעמוד על התפתחותו ושינויי טעמו של המשורר, ובכך גם לנסות ולשחזר ביוגרפיה רוחנית ויצירתית של אחד מגדולי האישים בדורו, שיש בה כדי ללמד אותנו על התקופה כולה.