יונתן דקל-חן מחזיק בקתדרה בחקר יהדות בריה"מ ומזרח אירופה ע"ש הרב אדוורד סנדרו באוניברסיטה העברית, והוא חבר סגל בחוג להיסטוריה כללית וגם בחוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו. בשנת הלימודים תשפ"א הוא משמש כעמית אורח במרכז בילדנר (BILDNER) לחקר עם ישראל באוניברסיטת רטגרס בארה"ב. מחקריו פורסמו בבתי הוצאה לאור באוניברסיטת ייל, אוניברסיטת אינדיאנה, מאגנס ובשורה ארוכה של כתבי עת מובילים בחו"ל. דקל-חן חוקר היסטוריה חקלאית, טרנס-לאומיות, היסטוריה יהודית, יחסים בינלאומיים, פילנתרופיה, דיפלומטיה לא-פורמלית (non-state diplomacy) והגירה בעולם המודרני. 

להיסטוריה החקלאית פנים רבות. עד להשלמת תהליך המודרניזציה בכל אזור ואזור בעולם, רוב האוכלוסייה התקיימה מעבודת האדמה. למעשה, עד לראשית העיור בעקבות תהליכי המודרנה, מרבית אוכלוסיית העולם חיה בכפר והתקיימה מחקלאות.
על פי אסכולת המודרניזציה, השגשוג העירוני, התיעוש והתפתחות ההשכלה מתאפשרים רק לאחר התמקצעות בחקלאות. גם בימנו, חלקים ניכרים מהאנושות עדיין מתפרנסים בעיקר מעבודת האדמה, כך שההיסטוריה החקלאית היא למעשה היסטוריית האדם וסביבתו.

יונתן זכה לאחרונה בפרס ורנון קרסטנסן (Vernon Carstensen) למאמר הטוב ביותר בשנת 2020 שהתפרסם בכתב העת Agricultural History. במאמרו Putting Agricultural History to Work: Global Action Today from a Communal Past הוא גיבש מסקנות מְחקר ההיסטוריה הארוכה של החקלאות היהודית המודרנית בארץ ובתפוצות כדי להציע פתרון תפעולי חלקי למצוקת הפליטים שנוצרה בעקבות האביב הערבי, מלחמת האזרחים בסוריה ומשברים נוספים בעשור האחרון, במיוחד בדרום הגלובלי.

על הקשר בין החקלאות היהודית הקולקטיבית למצוקת הפליטים בראשית המאה ה- 21 קראו כאן

עבודת הדוקטורט שלה נכתבה באוניברסיטת היידלברג (גרמניה). בעבודתה היא חיברה בין תשוקתה לשפות ולשירה להתעניינותה בפילוסופיה של השפה והידע ובאנתרופולוגיה. התזה שלה הוקדשה לשירתו המאוחרת של המשורר פאול צלאן. ספרה "סתום" שמבוסס על עבודת הדוקטורט שלה פורסם ב-2020 בגרמנית.

קיארה מתמקדת מזה כמה שנים בספרות דרום איטלקית וסיציליאנית, ובמיוחד ביצירתו של הסופר סטאפנו דאריגו , שהתחיל את הקריירה שלו כמשורר אך המשיך בכתיבת רומן מהפכני גדול (של כמעט 1000 עמודים!) בשם ״הורצ׳ינוּס אוֹרקה״ (1975). התעניינותה המיוחדת בסיציליה נובעת מהיותה אזור גבול בין אירופה למדינות אחרות בים התיכון, שאיתן היא חולקת היבטים היסטוריים ותרבותיים משמעותיים. למעשה, המפגש המיוחד של התרבויות הנוצרית, היהודית והמוסלמית שהתרחש בסיציליה השפיע במשך הזמן על האמנות והספרות המקומית. 

לאחרונה קיארה פרסמה מאמר שדן בתפקיד האנתרופולוגיה ברומן הגדול של סטאפנו דאריגו, שהיא מתכננת להרחיבו לספר שיעסוק במושגי הטבע בספר ובספרות בכלל. הרומן של דאריגו מציג שפה איטלקית חדשה המבוססת על הדיאלקט הסיציליאני – שכולל יוונית, לטינית, צרפתית, ערבית ועוד; אך באותה השעה הוא גם מכריח אותנו לחשוב על נושא אקטואלי מאין כמותו, על משמעות הקשר שבין האדם לטבע ובין האדם לחיות, ועל צורות שונות להבין ולהסביר את מקומו של האדם בעולם.