המכון להיסטוריה מאגד את את החוג להיסטוריה, החוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו, החוג למדע הדתות והחוג ללימודים קלאסיים. המכון משמש מסגרת לפעילויות שונות של הוראה, שמטרתן להדגיש את אופיה של הדיסציפלינה ההיסטורית ותולדותיה, את המפגש בין חברות ותרבויות היסטוריות הנלמדות בחוגים השונים, את המימד ההשוואתי בלימוד ובחקר ההיסטוריה והדתות, ואפשרויות השילוב בין חקירת ענף אחד למשנהו.
במכון קיים מסלול מיוחד לתלמידים מצטיינים. לתכנית המצטיינים של המכון להיסטוריה מתקבלים תלמידים שסיימו שנה א' בחוגים היסטוריים (היסטוריה, היסטוריה של עם ישראל ויהדות שמננו, לימודי האסלאם והמזה"ת, לימודי אסיה, לימודים רומאניים ולטינו-אמריקניים, מוסיקולוגיה, תולדות האמנות וארכאולוגיה) בממוצע גבוה ולאחר שעברו ראיון קבלה. התכנית נמשכת ארבע שנים עד לסיום תואר מוסמך במסלול מחקרי. כל תלמידי התוכנית זוכים במלגה בגובה מחצית שכר הלימוד בכל אחת משנות הלימודים.
המכון מוציא לאור את כתב העת היה היה, אשר ייחודו בפרסום מאמרים המבוססים על עבודות מצטיינות של תלמידים לתואר בוגר בחוגים היסטוריים מרחבי הארץ. מלאכת השיפוט, העריכה וההוצאה נעשית בידי תלמידי המכון להיסטוריה.
