מרכז קובנר להיסטוריה גרמנית הוקם בשנת 1980 בתמיכת Minerva Gesellschaft für die Forschung במטרה לקדם מחקר בהיסטוריה גרמנית ויהודית-גרמנית. המרכז נקרא על שמו של ההיסטוריון ריצ'רד קובנר, שהיה דמות המובילה בהקמת החוג להיסטוריה באוניברסיטה העברית בשנות השלושים והארבעים של המאה העשרים.

מרכז קובנר הוא אחד ממרכזי המחקר הראשיים של ההיסטוריה הגרמנית בישראל, והוא פועל בשיתוף עם אוניברסיטאות מרכזיות בגרמניה, באירופה וברחבי העולם. מטרתו לעודד סטודנטים מצטיינים לכתוב עבודות תזה (מוסמך ודוקטורט) על ההיסטוריה הגרמנית, ובמיוחד על התקופה שאחרי 1945.