מפעל המקרא של האוניברסיטה העברית בירושלים הוא מוותיקי מכוני המחקר שבמכון למדעי היהדות על שם מנדל. המפעל הוקם במטרה להוציא לאור מהדורה מדעית שתתאר באופן מקיף את תהליכי ההשתלשלות של נוסח המקרא מעדיו הקדומים ביותר מהעת העתיקה ועד לימי הביניים המאוחרים. המפעל נוסד בשנת 1956 על ידי פרופ' משה גושן־גוטשטיין, פרופ' חיים רבין ופרופ' שמריהו טלמון שהיו צוות העורכים הראשון. סגל החוקרים של מפעל המקרא בעבר ובהווה מונה מומחים בתחומי נוסח המקרא, הלשון העברית, חקר המסורה, פילולוגיה מקראית, ספרות חז"ל ועוד.