המכון למדעי היהדות נוסד בחג החנוכה בשנת תרפ"ה, דצמבר 1924, חודשים ספורים לפני פתיחתה הרשמית של האוניברסיטה העברית בירושלים. כיום, אחראי המכון לתיאום בין כל חוגי הלימוד ומרכזי המחקר וההוראה העוסקים במדעי היהדות באוניברסיטה, והוא מוציא לאור מגוון רחב של כתבי עת ופרסומים המייצגים דיסציפלינות אקדמיות רבות. לספינת הדגל של פרסומי המכון, כתב העת "תרביץ", מלאו עתה 93 שנים של פרסום רצוף. אליו מצטרפים כתבי עת העוסקים בחקר מחשבת ישראל, ספרות עברית, מקרא, השפה העברית, פולקלור יהודי ותחומים נוספים במדעי היהדות.
במכון מעוגנים שישה חוגי לימוד - מקרא, תלמוד והלכה, ספרות עברית, היסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו, מחשבת ישראל, ולשון עברית. בחוגים אלה ובחטיבות ותכניות שונות כגון החטיבה ללשונות היהודים והתכנית ליידיש, לומדים לתוארי בוגר, מוסמך ודוקטור. רוב חברי הסגל של חוגי המכון למדעי היהדות וכן מרכזי המחקר והפרויקטים השייכים אליו יושבים בבניין רבין למדעי היהדות, בהר הצופים. במאי, 2003, נחנך המכון רשמית בשם מר מורטון מנדל, כאות הוקרה לתמיכתו הנדיבה והנלהבת במדעי היהדות באוניברסיטה העברית. במאי 2017 הודגשה ההערכה העמוקה למשפחת מנדל, ושמו הרשמי של המכון הורחב למכון למדעי היהדות ע"ש ג'ק, ג'וזף ומורטון מנדל.