הפקולטה למדעי הרוח מציעה לימודים לתואר דוקטור בכל החוגים ותוכניות הלימודים שלה. תנאי הקבלה כוללים סיום לימודי מוסמך במסלול מחקרי בציון 90 ומעלה בתיזה וציון ממוצע של 85 ומעלה בקורסים ובבחינה מסכמת, וכן שפה זרה שנייה ברמת מתקדמים. על המועמדים למצוא מנחה מטעם הסגל האקדמי של הפקולטה שיסכים להדריך אותם במחקר.

תהליך הרישום והקבלה מתקיים פעמיים בשנה (בחודש מאי לקראת הסמסטר הראשון של שנה"ל ובחודש דצמבר לקראת הסמסטר השני של שנה"ל) והוא נעשה דרך הרשות לתלמידי מחקר של האוניברסיטה. הפנייה ללימודים תועבר מהרשות לתלמידי מחקר לוועדות קבלה במכונים של הפקולטה, לפי תחומי הדעת השונים, ואלו יודיעו למועמדים על קבלתם. וועדות הקבלה יוכלו לקבל תלמידים ללימודי מחקר גם אם אלו לא מצאו עדיין מדריך ובתנאי שזה יימצא בתוך שמונה חודשים ממועד הרשמתם.

תלמידים שסיימו את לימודי המוסמך שלהם במסלול הלא-מחקרי בציון 85 ומעלה יוכלו להכשיר עצמם ללימודי דוקטוראט. לשם כך יש לפנות לוועדת ההוראה של הפקולטה. יש לצרף לפנייה מכתב המלצה של המרצה המסכים להדריך אותם בעבודת התיזה.

בפקולטה למדעי הרוח פועלת תכנית לדוקטורנטים מצטיינים במסגרת בית ספר ג'ק, ג'וזף ומורטון מנדל ללימודים מתקדמים. רשאים להצטרף אליה כל מי שזכו במלגת מחיה מלאה לדוקטורט לשלוש שנים לפחות (מלגות נשיא, מנדל סכוליון, רוטנשטרייך, עזריאלי, ועוד). משתתפי התכנית זכאים לשורה של הטבות ובהן: משרד, שירותי משרד, תקציב מחקר אישי, מימון נסיעה קצרה או ארוכה (עד שנה) לחו"ל, ועוד.

משתתפי התכנית חייבים להיות נוכחים לפחות יומיים בשבוע במשרדם ולהשתתף בכל הפעילויות האקדמיות והחברתיות של התכנית. תלמידי התוכנית עוברים הכשרה להוראה וניתנת בידם האפשרות ללמד קורס בוגר לקראת תום לימודיהם. מלבד תוכנית מצטיינים זו פועלים בפקולטה מספר גדול של מכונים ומרכזי מחקר המציעים מלגות קיום, כל אחד בתחום הדעת שלו.

מידע נוסף ומפורט על השלבים והאפשרויות השונות ניתן למצוא באתר של הרשות לתלמידי מחקר.