המרכז לחקר הנצרות הוקם בשנת 1999 הודות לנדיבותם של הוברט ואלדגונד ברנינקמיידר-ורהאן, ונחנך במרץ 2000 בסמוך לביקורו ההיסטורי של האפיפיור יוחנן פאולוס השני בישראל. המרכז מעודד במיוחד את חקר ולימוד הברית החדשה ושורשיה היהודיים, מערכת היחסים ארוכת השנים בין יהודים ונוצרים, תולדות הנצרות בארץ הקודש ותולדות הנצרות המזרחית.
המרכז מטפח יחסי גומלין מחקריים עם מרכזי מחקר אחרים באוניברסיטה ובהם מרכז אוריון לחקר מגילות ים המלח ומרכז נחמיה לבציון ללימודי האסלאם, ועם מכוני מחקר נוצריים אחרים שפועלים בארץ הקודש.