המכון ללימודי אסיה ואפריקה הוא המסגרת המשותפת בפקולטה לכל הקשור בתרבויות, השפות, ההיסטוריה והמצב בן-זמננו של העולם הלא-מערבי והלא-יהודי. המכון מסייע לחוגים בפקולטה למדעי הרוח העוסקים בתחומים הללו ומשתף פעולה עם חוקרים וגופים בתוך הפקולטה למדעי הרוח ומחוצה לה העוסקים גם הם בנושאים הרלוונטיים לתחומי המחקר שבהם עוסק המכון.

המכון ללימודי אסיה ואפריקה הוא אחד משלושת המכונים הראשונים שהקומו באוניברסיטה העברית בירושלים. הוא הוקם בשנת 1926 בשם "המכון למדעי המזרח" בידי קבוצה קטנה של מלומדים מגרמניה, ביניהם הפרופסורים צ"ד בנעט, ש"ד גויטיין ול"א מאיר. בתחילה הושם בו דגש על הלימודים והמחקר של עולם האסלאם הקלאסי והלשון הערבית הספרותית. במהלך הדורות, הורחבה תוכנית הלימודים והוספו לה תחומי האסלאם וכן שפות מזרח-תיכוניות נוספות כגון פרסית ותורכית. כמו כן, החל מחקר גם של המזרח-התיכון המודרני. בנוסף הוקמו מגמות חדשות ללימודי מזרח אסיה, לימודים הודיים, לימודים ארמניים ולימודי אפריקה. בזכות מוריו ותלמידיו נעשה המכון לאחד מן המוסדות המובילים בעולם ללימודי אסיה ואפריקה.

כיום מאגד המכון שלושה חוגים: החוג ללימודי האסלם והמזרח תיכון, החוג ללימודי אסיה, והחוג ללימודי שפה וספרות ערבית. שני הראשונים הם החוגים הגדולים ביותר בפקולטה למדעי הרוח. הפופולריות של חוגים אלו בקרב תלמידי הבוגר ותלמידי המחקר מעידה על חשיבות המכון לא רק בקידום המחקר האקדמי אלא גם בפיתוח הכלכלה, יחסי החוץ והתרבות של ישראל. אכן, בוגרי המכון ממלאים תפקידי מפתח במערכת קשרי הכלכלה, המסחר והדיפלומטיה בין ישראל לבין ארצות אסיה ואפריקה ותורמים רבות להפצת ידע על ארצות ותרבויות אלו בקרב הציבור הישראלי.

בשנים האחרונות, בעקבות רפורמה שבוצעה בפקולטה למדעי הרוח, המכונים – ובהם המכון ללימודי אסיה ואפריקה – עברו מאחריות ישירה על ההוראה וחוגי הלימוד, לדגש מחקרי. כיום, עיקר פעילות המכון הוא בתחום טיפוח המחקר, הן על ידי ריכוז ועידוד של מרכזים ומיזמי מחקר המאגדים מספר חוקרים, והן בתמיכה בחוקרים בודדים. במסגרת המכון פועלים באופן קבוע מרכזי מחקר, כגון מרכז פריברג ללימודי מזרח אסיה והמרכז לחקר האסלם על שם לבציון, וכן מפעלי מחקר כגון המילון הערבי-עברי, הקונקורדנציה של השירה הערבית הקדומה, הוצאה לאור של כתב העת Jerusalem Studies in Arabic and Islam, ועוד.