המרכז לחקר האסלאם ע"ש נחמיה לבציון הוקם כדי לעודד וליזום מחקר על דת האסלאם כתרבות וכציביליזציה מראשית האסלאם במאה השביעית לספירה ועד היום, בעולם הערבי, במזרח התיכון, באסיה, באפריקה, ואף במערב.

המרכז לחקר הנצרות הוקם בשנת 1999 הודות לנדיבותם של הוברט ואלדגונד ברנינקמיידר-ורהאן, ונחנך במרץ 2000 בסמוך לביקורו ההיסטורי של האפיפיור יוחנן פאולוס השני בישראל. המרכז מעודד במיוחד את חקר ולימוד הברית החדשה ושורשיה היהודיים, מערכת היחסים ארוכת השנים בין יהודים ונוצרים, תולדות הנצרות בארץ הקודש ותולדות הנצרות המזרחית.
המרכז מטפח יחסי גומלין מחקריים עם מרכזי מחקר אחרים באוניברסיטה ובהם מרכז אוריון לחקר מגילות ים המלח ומרכז נחמיה לבציון ללימודי האסלאם, ועם מכוני מחקר נוצריים אחרים שפועלים בארץ הקודש.

המרכז המשותף ליד יצחק בן צבי והאוניברסיטה העברית בירושלים מעניק בכל שנה מלגת קיום ע"ש רחל ינאית בן-צבי לתלמידי תואר שלישי של האוניברסיטה העברית שתחום התמחותם קשור בתולדות ארץ ישראל ויישובה.

באוגוסט 2010 החליטה הוועדה המתמדת של האוניברסיטה העברית בירושלים להקים מרכז מחקר חדש לשפה, לוגיקה וקוגניציה (LLCC), שיתמקד בחקר השפה מבחינה רב תחומית. המחקר במרכז מתמקד בקשר שבין שפה למערכות קוגניטיביות אנושיות אחרות שיש להן הנמקות לוגית ובקשר שלהן לאירועים תקשורתיים.