המרכז המשותף ליד יצחק בן צבי והאוניברסיטה העברית בירושלים מעניק בכל שנה מלגת קיום ע"ש רחל ינאית בן-צבי לתלמידי תואר שלישי של האוניברסיטה העברית שתחום התמחותם קשור בתולדות ארץ ישראל ויישובה.