בית ספר מנדל מכשיר את דור החוקרים הבא במדעי הרוח, באמצעות יצירת קהילה אקדמית פעילה ותוססת, במסגרות רב-גילאיות ולפרקי זמן ממושכים - שנתיים ללימודי מוסמך, שלוש-ארבע שנים לדוקטורט ולפוסט-דוקטורט. בבית הספר פועלות קבוצות מחקר רב-תחומיות של חוקרים צעירים בצד חוקרים מנוסים ובכירים, והוא מארח חוקרים מובילים מחו"ל להוראה ולמחקר.
בבניין מנדל שוכנות היחידות המרכיבות את בית הספר: התכנית לתלמידי מוסמך מצטיינים; התכנית לדוקטורנטים מצטיינים; מנדל סכוליון - מרכז למחקר רב תחומי במדעי הרוח והיהדות; ותכנית עמיתי מרטין בובר. הבניין מציע מרחבי לימוד מרווחים ומשוכללים וסביבת עבודה משותפת, ידידותית ומפרה מבחינה אינטלקטואלית.
אתר בית ספר ג'ק, ג'וזף ומורטון מנדל ללימודים מתקדמים במדעי הרוח >>
מטרת התכנית להקים קהילה של סטודנטים מצטיינים בראשית דרכם המחקרית, אשר יפעלו בסביבה המעודדת שיתוף פעולה אינטלקטואלי. לשם כך מוענקות לסטודנטים מלגות מחיה מלאות, ובכללן פטור משכר לימוד, ומוצע להם מרחב עבודה פרטי בבניין מנדל.
תלמידי בית ספר מנדל משתתפים בקורסים ייחודיים שניתנים על ידי מורי הפקולטה ומרצים אורחים מהארץ ומחו"ל. כמו כן מתקיימות פעילויות חברתיות ואקדמיות מיוחדות.
תנאי להתקבלות לתכנית זו הוא הצטיינות במהלך הלימודים לתואר בוגר. מלגת המחייה ניתנת למשך שתי שנות הלימודים לתואר מוסמך במסלול המחקרי כדי לאפשר לזוכים בה לסיים את לימודיהם במועד.
מטרת התכנית להכשיר את המנהיגות האקדמית והחינוכית של הדור הבא במדעי הרוח. דוקטורנטים מצטיינים מוזמנים לנהל את מחקרם בסביבה מאתגרת וידידותית המעודדת שיתוף פעולה בינם לבין עצמם ועם חוקרים בכירים השוהים בבית ספר מנדל.
הדוקטורנטים מקבלים מלגות מחיה לארבע שנים ומשרד בבניין מנדל. לרשותם עומדים מקורות כספיים לארגון כנסים וסדנאות, ליוזמות מחקריות וחינוכיות, למימון נסיעות קצרות וארוכות לחו"ל ולתקציב מחקר. תלמידי התכנית משתתפים בקורסים ייחודיים שניתנים על ידי מורי הפקולטה ומרצים אורחים מהארץ ומחו"ל. כמו כן מתקיימות פעילויות אקדמיות וחברתיות מיוחדות - הרצאות, סדנאות, קבוצות למידה וסיורים לימודיים.
מרכז מנדל סכוליון הוקם בשנת תשס"ג ביוזמת נשיאהּ לשעבר של האוניברסיטה העברית, פרופ' מנחם מגידור, ובסיועה הנדיב של קרן מנדל. מטרתו המקורית של המרכז הייתה לעודד נתיבי מחקר רב-תחומיים אשר יעמידו את מדעי היהדות במרכז השיח התרבותי המתנהל בארץ ובעולם, וגם יבססו את מעמדה של האוניברסיטה העברית כגורם מוביל בחקר היהדות. החל בשנת תשע"ב הורחב המנדט של המרכז והוא כולל היום את כל מדעי הרוח. המרכז שוכן בקומה השנייה של בניין מנדל אנו שואפים ליצור, לצד שותפינו בבית ספר מנדל, קהילה אקדמית רב-גילאית ורב-תחומית חיה ותוססת, שמכוננת בין כתליה שיח ושיג פורה, פתוח וידידותי.
במרכז פועלים שני פרויקטים:
תכנית עמיתי בובר במדעי הרוח והחברה הוקמה ב 2010, פרי שיתוף פעולה בין האוניברסיטה העברית בירושלים וממשלת גרמניה במימון המשרד הפדראלי הגרמני לחינוך ומחקר (BMBF). התכנית הוקמה במטרה לתמוך במחקר אקדמי בין-תחומי ובין-תרבותי ברמות הגבוהות ביותר בקרב חוקרים צעירים מצטיינים (בשלב הבתר-דוקטורט) מישראל וגרמניה ובשיתוף עם עמיתים בכירים. בכל שנה נבחרים עד עשרה חוקרים צעירים מצטיינים (חמישה מישראל וחמישה מגרמניה) מכל תחומי מדעי הרוח והחברה (לא כולל משפטים וכלכלה שימושית).
העמיתים, שמקבלים מלגה נדיבה, יוצרים קהילת חוקרים תוססת, המגלמת רוח של העזה והרפתקה אינטלקטואלית. קשר למדעי היהדות וישראל או ליחסי ישראל-גרמניה אינו הכרחי. התכנית מונה כשלושים עמיתים ושוכנת בבניין מנדל בהר הצופים.